A diretora é responsável por desenvolver, acompanhar e avaliar todo o Projeto Político Pedagógico Vicentino adotado pela instituição. Tem como meta cumprir e fazer cumprir as determinações escolares, as leis de ensino vigentes e as disposições do Regimento Escolar. Tem ainda o compromisso de responder por sua atuação no âmbito de competência, perante a comunidade educativa.

A Diretora proporciona a atualização de seus Educadores Vicentinos, visando sempre a garantia de adequação entre o projeto pedagógico e o Carisma, herança deixada por São Vicente de Paulo e Santa Luísa de Marillac, cuja finalidade será sempre reunir os valores cristãos, a qualidade intelectiva e sócio-afetivas na ação e nas relações professor-aluno.

Abaixo encontram-se, em ordem cronológica, as Diretoras que passaram pelo Colégio São José deixando suas marcas e fazendo a história desta instituição:

Período	Diretora
1958 a 1962	Irmã Tereza Chiesa
1963 a 1966	Irmã Ilda Coelho
1967	Irmã Irene Vasconcellos
1968 a 1974	Irmã Maria Lúcia de Mello
1974 a 1978	Irmã Yolanda Ferrari Dias
1979	Irmã Alaíde Torquato
1980 a 1989	Irmã Magnólia de Freitas Barcellos
1990 a 2002	Irmã Angela Maria Miranda Magalhães
2003 a 2005	Irmã Neil Pimentel
2006 a 2009	Irmã Jacira Pereira dos Santos
2009 a 2012	Irmã Maria Cristina D´Abruzzo
2012 a 2018	Irmã Rizomar Bonfim Figueiredo
2018 a 2023	Irmã Joselinda Santos
Atual	Irmã Maria Cristina D´Abruzzo

Período	Diretora Pedagógica
Atual	Maria Auxiliadora Vieira Campos